Działanie magnetronu będzie znacznie zmniejszone, jeśli materiał tarczy jest magnetyczny, ponieważ linie pola magnetycznego są ekranowane przez materiał tarczy i trudno przez nią przejść, tworząc pole magnetyczne nad powierzchnią materiału tarczy. W rezultacie, gdy rozpylających materiały magnetyczne, pole magnetyczne tarczy magnetronowej musi być z jednej strony silniejsze, a z drugiej strony materiał tarczy musi być cieńszy, aby umożliwić przejście linii pola magnetycznego i wytworzenie efektu magnetronu nad powierzchnią tarczy.
W zależności od używanego źródła zasilania, urządzenia do rozpylania magnetronowego można ogólnie podzielić na rozpylanie prądem stałym i rozpylanie o częstotliwości radiowej. Podczas rozpylania magnetronu prądem stałym pomiędzy podłożem anody a tarczą katody dostarczane jest napięcie prądu stałego. Pod wpływem pola elektrycznego kation bombarduje cel, a jego szybkość rozpylania jest często dość duża. Jednakże rozpylanie DC jest często stosowane tylko w przypadku celów metalowych, ponieważ w przypadku celów izolacyjnych dochodzi do tak zwanego „zatrucia celu” przez dodatnie cząstki gromadzące się na powierzchni docelowej, co powoduje zmniejszenie szybkości rozpylania. Zasada rozpylania magnetronowego jest następująca: elektrony przyspieszając i lecąc do podłoża pod wpływem pola elektrycznego, zderzają się z atomami argonu, powodując jonizację przy tym ogromna liczba atomów argonu i elektronów. Pod wpływem pola elektrycznego jony argonu przyspieszają bombardowanie celu, powodując rozpryskiwanie wielu atomów celu. Neutralne atomy docelowe (lub cząsteczki) są następnie osadzane na podłożu, tworząc warstwę. Gdy przyspieszają i lecą do podłoża, elektrony wtórne są ograniczane w obszarze plazmy w pobliżu powierzchni docelowej przez siłę magnetyczną Lorena pola magnetycznego .
Obszar ten charakteryzuje się bardzo dużą gęstością plazmy. Pole magnetyczne otacza elektrony wtórne. Powierzchnia celu obraca się po okręgu. Droga ruchu elektronu jest bardzo długa. Podczas ruchu stale zderza się z atomami argonu, co powoduje jonizację dużej liczby jonów argonu i bombardowanie materiału docelowego. Energia elektronów stale spada po kilku spotkaniach, uwalniając je z magnetycznych linii ograniczeń siły. ostatecznie osadzone na podłożu po usunięciu z celu.
